【分子动力学】 分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅！ GROMACS初学者了解资料 GROMACS安装之前的准备 windows如何安装Gromacs

引言 未安装好 Gromacs 的友友，请移步到：《windows系统如何安装Groamcs 怎么选择》 --- 安装好的友友，对于初学者，下面是一些非常有必要了解的 Groamcs 初学者知识。 Gromacs 中所有的文件格式和数据文件解析：《全方位解读GROMACS文件类型：如何快速掌握分子模拟中的关键数据格式和实用技巧 GROMACS文件类型深度解析》 我们假设读者熟悉分子动力学和 Unix，包括使用文本编辑器，例如 jot、emacs 或 vi。我们还假设 GROMACS 软件已正确安装在您的系统上。当您看到类似这样的行时： bash ls -l 你应该在你的计算机终端上输入该行的内容。 一、设置你的环境 为了检查您是否有权访问 GROMACS，请首先输入以下命令： bash gmx -version 此命令应打印出有关已安装的 GROMACS 版本的信息。里面会包含是否安装了 GPU 加速版的信息等等。相反，如果此命令返回短语： bash gmx: command not found. 然后您必须找到您的 GROMACS 版本的安装位置。默认情况下，二进制文件位于初始的安装包目录，但是，您可以询问本地系统管理员以获取更多信息，或者找我们专业的远程安装技术进行远程安装。 二、标题典型模拟流程图 这是在水箱中对蛋白质进行典型 GROMACS MD 运行的流程图。 9.1.png 三、重要文件： 以下是您将遇到的最重要的 GROMACS 文件类型的概述。 分子拓扑文件（.top ） 分子拓扑文件由程序 gmx pdb2gmx 生成。 gmx pdb2gmx 将任何肽或蛋白质的 pdb 结构文件转换为分子拓扑文件。此拓扑文件包含肽或蛋白质中所有相互作用的完整描述。 gmx pdb2gmx 的核心呢，可以查看这篇文章：《深度解析：如何用GROMACS pdb2gmx 快速生成精准拓扑文件？ GROMACS pdb2gmx 使用全解析：从PDB文件到拓扑文件的快速指南》 --- 拓扑 include 文件机制 在顶级文件中构建系统拓扑以呈现给 grompp 时，GROMACS 使用内置版本的所谓 C 预处理器 cpp（在 GROMACS 3 中，它实际上是 cpp）。cpp 解释如下行： c include "ions.itp" 通过在当前目录、 GMXLIB 环境变量指示的 GROMACS 共享 / 顶级目录，以及 mdp 文件中的 -I 包含值中的标志所指示的任何目录中查找所指示的文件。它会找到此文件或报告警告。（请注意，当您提供目录名时，应使用 Unix 样式的正斜杠 / ，而不是 Windows 样式的反斜杠 \ 作为分隔符。）找到后，它会使用内容，就像您自己将包含的文件剪切并粘贴到主文件中一样。请注意，您不应该自己进行复制和粘贴，因为包含文件机制的主要目的是重复使用以前的工作，使将来的更改更容易，并防止拼写错误。 run parameter 进一步，cpp 解释如下代码： c ifdef POSRES WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 endif 通过测试预处理器变量是否 POSRES WATER 在某处定义（即“如果定义”）。这可以在 top 文件（或其包含文件）中较早地使用，在运行参数中使用标志，或者在命令行中执行。标志的功能借用了中的类似用法。后面的字符串必须完全匹配；使用不会触发或。此机制允许您更改 mdp 文件，以选择是否要在溶剂而不是 top 文件上进行位置限制。请注意，预处理器变量与 shell 环境变量不同。 c define POSRES WATER include -Dinclude cpp -Dcpp -D -DPOSRES ifdef POSRE ifdef DPOSRES